Em 2013, o Atlético resolveu fazer algo, na época, inédito no futebol brasileiro: colocou um elenco sub-23 para disputar o estadual, enquanto, a equipe profissional realizou uma longa pré-temporada até o início da Copa do Brasil. Depois do Paranaense, alguns jogadores foram emprestados, mas outros ganharam espaço no time principal.
No primeiro ano com os jovens, o Rubro-Negro, então comandado por Arthur Bernardes, venceu o segundo turno e perdeu a decisão nos pênaltis para o Coritiba. O time que jogou a grande final no Couto Pereira teve Santos; Rafael Zuchi, Bruno Costa, Erwin (Elivelton) e Heracles; Renan Foguinho, Hernani e Zezinho; Edigar Junio, Douglas Coutinho e Crislan (Bruno Pelissari).
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